Yo estuve en la misma situacion, lo primero que te recomiendo si vas a usar particiones ntfs es que instales fuse+ntfs-3g, tiene el incoveniente de que para acceder a las particiones tienes que entrar por el directorio, pero por lo que he leido es mas seguro a la hora de escribir en ntfs...
Si no te apetece ponerte al lio, como te han dicho tienes que editar el archivo /etc/fstab y agregar tu disco duro de esta manera:
/dev/hda(x) ntfs defaults,nls=utf8,umask=007,gid=46 0 0
quedandote algo similar a esto:
/etc/fstab escribió:
proc /proc proc defaults 0 0
/dev/hdb1 / ext3 defaults,errors=remount-ro 0 1
/dev/hdb5 none swap sw 0 0
/dev/hdd /media/cdrom0 udf,iso9660 user,noauto 0 0
/dev/hda1 /mnt/win_c ntfs defaults,nls=utf8,umask=007,gid=46 0 0
/dev/hda5 /mnt/win_d ntfs defaults,nls=utf8,umask=007,gid=46 0 0
hdb(x) disco duro secundario, 2 particiones linux ext3 y swap
hda(x) disco duro primario, 2 particiones ntfs
contando que sabes que particion es la de windows (en el ejemplo hay 2) y que tienes los directorios de destino creados, no hay mas problemas...por ultimo tambien te recomiendo que añadas tu usario al grupo root y discos...
ya me contaras!!
un saludo!