Si tienes el /home en una partición dedicada, que es lo suyo, no hay problema con los datos. Yo no actualizaría una versión tan vieja, es probable que pierdas mucho tiempo arreglando rotos. Te recomiendo que pruebes un livecd de la ultima versión para comprobar si te pilla todo el hardware y si no hay mayor problema backupea e instala de cero, esta vez dedicando una partición para /home.
Pero de todas maneras el consejo más sensato es que no toques nada hasta que acabes el PFC, o si acaso prueba en otro disco o partición conservando la instalación actual, y una vez comprobado que todo funcione te cargas la instalación antigua. Piensa que si has compilado drivers a manija no van a ir con un kernel nuevo, actualices o instales de cero.