Buenos días,
Normalmente si el kernel nuevo no tiene el módulo de nvidia debería dar error también al ejecutar el comando startx. ¿Tienes puesta la configuración de nvidia en /etc/X11/xorg.conf o en /etc/X11/xorg.conf.d/? Si no la tienes igual te está cargando el driver vesa.
En estos casos, lo más sencillo es reinstalar los drivers.
Supongo que el driver lo habrás descargado de la página de nvidia, en este caso te recomiendo que compruebes si hay una versión más reciente.
A parte de descargar los drivers de la página de nvidia, hay otra opción para utilizar los drivers propietarios mediante DKMS, entonces cada vez que actualices el kernel ya se encarga de volver a compilar el módulo. Para ello hay que instalar el paquete nvidia-driver.
Si quieres probar DKMS, te recomiendo que desinstales primero el descargado de la página, ejecutando el comando:
sudo NVIDIA-Linux-[Versión del driver que tienes instalado].run --uninstall
Y luego instalar nvidia-driver:
sudo apt-get install nvidia-driver
Un saludo