No, es lo bueno, no se pierde ningúna clase de dato (documentos, archivos de video, música, PDF, ect), sólo eso sí, la instalación de los programas instalados durante ese tiempo, (es decir, no borra la carpeta del programa ni los archivos creados con este, sólo la propia instalación y por tanto esos programas quedarán inejecutables)
En verdad desconozco que otra cosa puedes hacer, me parece que si volviendo atrás no se soluciona, probar otro teclado USB/inalámbrico como has dicho (se da por hecho que con un teclado PS2 la detención no se dará) o, sobre todo, conectando el teclado a un Hub alimentado, son en principio las acciones más lógicas y de más resultado.
Retira de todas formas y si tienes a bien, los dos discos duros USB, mientras menos carga de dispositivos USB tenga el ordenador antes de descartará ese hecho.
Me figuro que este caso probar Linux Live (versión de Linux que no necsita instalación en el disco duro), no dará un resultado válido, puesto que tiene un funcionamiento distinto por completo a Win, en todo caso se podría dejar en la recámara a modo de comprobación posterior.
Saludos