algunas cosillas que no sé si has tenido en cuenta. si ya las haces perdona por repetírtelas:
a) supongo que cargas las roms desde modo GBA y no desde modo NDS
b) prueba de cargar con start y con A y escoge siempre el que vaya (depende de la SD)
c) si usas la opción de cargar desde zip, asegurate que dentro está la rom y no hay carpetas ni otros zip's o rar's
d) prueba otra rom, que igual esa está mal
e) y lo úlyimo, prueba de formatear la targeta con otros tamaños de clúster menores (esto no creo que sea, pero por probar...)