Ya, lo que pasa es que flasheaste el Freeboot no? y después flasheste los 3MB originales, es por eso que no te funciona el Xellous por que ya no esta, en cuanto a los errores en el anillo de luces seguramente se pudo deber al Jtag, no se, pero si ya conseguiste cargar xell y freeboot es que funciona el Jtag y el SMC, no renuncies al Jtag si ya casi lo tienes todo, ya hiciste los difícil, ten paciencia.
Mira, ahora lo que tienes que hacer es volver a flashear el Xellous solamente, vuelve a hacerlo y después vuelve a generar la imagen de Freeboot para fllashearla y ya comentas.
Si después sigues con el problema de las luces y el mando lo mejor sería que probaras el Jtag alternativo que es solo cambiar un punto en la placa.