Supongo que, si no había ningún otro sistema ni partición en el HD, Windows optaría por instalar su arranque en el MBR del disco y pasar de tocar el sector de inicio de la partición. En cualquier caso ese no es un problema del programa de arranque de Linux, sino de Windows. Tendrás que encontrar el modo de instalar/restaurar el arranque de la partición de Windows y ya Grub lo sabrá coger bien
