Puede ser por eso. No te lo aseguro porque yo no la tengo en formato FAT, sino en FAT32. Lo digo porque me suena haber leido en algún sitio que por ejemplo la intro del Castlevania iba más rapido en FAT, pero que no se podía jugar a los juegos de GBA (no lo he comprobado).
Por otra parte, en la web del M3 en el apartado que hay de M3 user guider, en Information dentro de la pestaña Download, te lleva a una web que te indica los pasos a seguir para usar el M3 y de lo primero que pone es "Before placing any files on the memory card, make sure you format it using the FAT32 structure."
Voy a ver si encuentro algo más de información.
Un saludo.
EDIT: Para no hacer otro post, copio aquí lo que había leido en otro foro "then I formated the card using FAT/64k, ... the castlevania video was perfect, the first time I saw the video without slowdowns, very nice, but the GBA games didn't work at all, it get stuck on the loading screen with both games, don't know why, I thought FAT was better for GBA games.."
Parece que a veces sí funcionan los juegos de GBA aun estando en FAT, pero que la mayoría de las veces dan fallos. Y en otro post recomiendan arrancar en modo GBA desde el dashboard de la consola, sin pasar por el menú del M3 pulsando START.
No sé que otra cosa podría ayudar, quizás el tener actualizado el firmware del M3 y las backups parcheadas con la última versión del M3 Manager. A ver si logras que funcione.
EDIT 2: No te había leido que ya te funciona, pues así no hay problema de andar cambiando el formato de la tarjeta.
Un saludo.