Vamos a nombrarlas así, para no liarnos:
A) La DS Lite con flashcart y backup de un juego
B) La DS Lite receptora, que puede tener backup, juego, o nada de nada (consola vacía).
Anteriormente, la consola B no recibia bien los datos de descarga DS si no estaba flasheada. La consola A podía estar flasheada o no (es indiferente), pero se necesitaba necesariamente flashear la consola B para que no diera fallos (el flasheo eliminaba una comprobación de seguridad de los datos descargados, que es lo que hacía que no funcionara). Si la consola B no se flasheaba, la gran mayoría de los juegos fallaban al hacer B la descarga DS.
------------------------------------------
Actualmente, los firmwares nuevos de muchos flascharts son compatibles con la descarga DS. Ejemplos: M3 simply 1.07, R4 1.11, Cyclo Evolution (todos los firms), Supercard DS One (no me acuerdo cual es la version del firm...), etc.
Es decir, que metes tu R4 con el firm 1.11 en la consola A, y no tienes que hacer nada más: la gran mayoría de los juegos se podrán jugar en descarga DS en la consola B sin hacer nada más (y, por supuesto, sin flashear). Esto te sirve con los juegos sin trimear, o con los trimeados con una herramienta adecuada (como el trim tool 2.0, NDS rom cleaner...). Esto es porque había algunos trimeadores de roms que eliminaban información necesaria para la descarga DS. En la própia página del R4 hay un trimeador compatible.
Creo que me he explicado, pero pregunta si tienes más dudas. Que alguien corrija si me equivoco.