Yo suelo usar siempre el mismo sistema en todas. Tengo un cable LPT a SERIE (hembra) externo con una secuencia concreta y en la consola sueldo un cable SERIE (macho) siempre de la misma longitud a la placa para leer/escribir la nand.
En un par de ocasiones me ha pasado que la primera lectura y la segunda no eran iguales pero siempre intento hacer dos lecturas mas (es mas coñazo porque tarda 2 horas en hacer las 4 lecturas) y al final se obtienen buenos resultados.
De esas 4 lecturas, hasta ahora, hay 2 que coinciden... por lo cual las doy buenas ya que es muy raro que sean TODAS diferentes si el cableado está correcto.
Cuando usemos NandPro 2.0b (versión recomendada), el valor de FLASHCONFIG en LPT debe ser 01198010... cualquier otro valor indica que está mal (imagino que esto ya lo sabrías... pero a veces se nos pasa este detalle)...
Si tienes bien soldado el cableado, y los cables no son muy largos, debería ir bien (haz las 4 lecturas aunque sea mas largo el proceso). De lo contrario revisa medidas y soldaduras.
Suerte.
P.D. ¿Qué esquema LTP estás siguiendo?