La diferencia de tamaños es por las capas. Es decir, la primera capa son sobre 3GB como tu bien dices, y ambas capas suman sobre 6GB, pero en el caso de cargar backups el GT4 te servirá como un juego normal de 3GB, es decir, con el no podras cargar casi ningun juego...
Salu2
EDITO: Usa SIEMPRE CDloader, es lo mejor