Eso o en el menú de PS3, en la sección VIDEO, cuando te vayas al USB, en lugar de pulsar "X" para abrirlo pulsas "Triángulo" (como para ver las opciones) y le das a "VER TODO": entonces te mostrará todo el contenido, independientemente de la estructura de carpetas, aunque si vas a utilizarlo habitualmente para ello lo más cómodo es que hagas la estructura típica de carpetas.
Salu2.