InDeeD, tio, me parese que estamos condenados a entendernos...
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Bueno, a mi me pasó algo parecido, y me dieron una solución (que no me ha funcionado, por cierto), pero podrias intentarlo tú.
Con el edonkey apagado tienes que abrir el DonkeyDoctor, y le das a la opción Hash Archivo, buscas el archivo completado y te creará un .part.met de ese archivo. Luego le das a Test Met y seleccionas el .part.met que acabas de crear. Según la teoria debe de ver si hay alguna parte errónea o incompleta, y te lo chequeará.
Por seguridad, haz una copia del archivo antes de hacer esto, por si las moscas.
Y si no te funciona, puede que el archivo esté dañado en origen, que cabronazos hay muchos sueltos.
Venga, suerte y saludos.