Pues frana lamento decirte que todavía no se ha conseguido escribir en particiones ntfs (de forma estable), por lo que o bien te creas una partición temporal en FAT32 para el incoming y el temp (con el problema para los archivos de más de 2GB), o estás pasando los archivos de una partición a otra cada vez que cambies de SO. Bueno queda otra, instalar wine y usar emule (el de windows vamos), y así podrías usar la misma partición ntfs en ambos.
A ver si alguien te da una solución mejor, pero me da a mí que no.