Si hay 2 tarjetas de video y algún problema con ellas, es posible que esté tomando la pantalla del portátil como secundaria. Es decir, como si el portátil estuviera conectado a una pantalla externa que actuara como primaria.
En la pantalla secundaria no se suelen mostrar los iconos de las aplicaciones abiertas, eso explicaría por qué no le aparecen.
Podrías comprobar la configuración de los monitores en el panel de control, para asegurarte de que el monitor del portátil está como primario.
Otra opción es usar la combinación de teclas que tienen los portátiles para cambiar el modo de compartir pantalla. Suele ser fn + F4.
Si no es eso, se me ocurre entrar en la administración de usuarios, crear uno nuevo, y ver si también tiene el mismo problema. Si no lo tiene, debe ser algo de la configuración de ese usuario. En ese caso, a lo mejor cuesta menos pasar todos los datos al nuevo usuario, que encontrar la causa del problema.
