Yo diría que tiene pinta de que la conexión del trafo a la base de carga está pelín floja.
A mí tuve la sensación de que me pasó un par de veces, pero no te sabría decir porque dejé de usar la base de carga al poco tiempo, y el gamepad lo tengo en el soporte de reposo normal.
En vista de que la batería dura tan poco, acababa cada partida teniendo que soltar el cable de la base para enchufarlo al gamepad y terminar de jugar. Así que terminé por mandar al carajo la base de recarga y tener el trafo a mano para enchufar directamente al mando cuando hiciese falta.