WENAS , aunque nadie supo decirme de que problema podria tratarse, expongo como lo solucione por si alguien se encontrara igual.....
Lo primero que encontre que hacia mal, era al formatear, en lugar de formatear en FAT, venia por defecto FAT 32, provando provando , se me ocurrio cambiar este y... WALA. Ya no me cargaba error y volvia a ver el menu de mi G6 flash.
Otro problema que me encontre fue cargar mas de un juego NDS desde el programa ( en gba no me ocurre ), este al encender la consola,salia error y me obligaba a formatear. Lo que hice fue cargar el juego normal, cortar y pegar en una carpeta del Pc y volver a cargar otro en el G6 ; misteriosamente al juntar en el G6 funcionaban correctamente. Aun no entiendo el porque pero de esta manera si me va :/
Espero que si alguien se encuentra en la misma situacion le haya ayudado ya que, lo pase bastante mal cuando no encontraba respuesta a mis fallos