Según la documentación de Apple que he visto, chflags -R nouchg, no lleva coma detrás pero sí un espacio antes de la ruta del fichero, sin embargo en otros sitios y en el man estoy viéndolo con la coma.
Algunos de los ficheros que están bloqueados por el sistema (que a veces te indica que está bloqueado al borrar pero no aparece como tal en información del fichero) pueden desbloquearse matando el proceso Locum en el monitor de actividad. Asegúrate de que tienes la vista de Todos los Procesos. Si tienes esa vista pero no tienes ese proceso, el problema viene por otro lado.
Ayudaría algo más de información, como describir los mensajes de error, versión, etc.
