Hola,
A mi me ha pasado igual al hacerlo con uno de los manuales que aparecia aqui, y no me funcionaba tampoco algunos juegos.
Lo que he echo ha sido lo siguiente:
Hacer un cd de arranque con el archivo eprom.bin de back up en su directorio para poder bloquear y desbloquear los hd,
He arrancado y desbloqueando con el cd de linux tanto el hd original de la x, como el que quiero introducir.
Rearranco con el cd de linux (del xhdbm) con los dos hd conectados, uno como maestro y el otro como esclavo (cambiando el jumper) y eligo la opcion 1 por defecto,luego lanzo el xhdbm y uso la opcion de copy hard disk de la xbox, selecciono disco origen y destino. Esto tarda mucho en hacer la copia, asi que paciencia.
Cuando termina vuelvo a bloquear los hd rearrancando el cd de linux en la opcion 3
Y finalmente conecto el hd a la x con el jumper en maestro (si es q lo habias cambiado)
Y con esto a mi me ha funcionado los juegos como out run y demas
Saludos y suerte