Yo no lo tengo, así que no lo he probado, pero se me hace muy raro que un juego no te funcione en el interno, funcionando en el externo, ya que exceptuando la limitación famosa de los 4 gigas por fat32, en lo demás debería ser todo lo mismo.
Dicho lo cual, e insistiendo en que ni lo tengo ni lo he probado, se me ocurre que el juego te pidiera instalarse en el hd la primera vez que lo iniciaste desde el externo, o creara algún archivo de guardado, o alojara en el hd algún tipo de archivo, así que mi recomendación (si ese es el caso) es que borres todo el contenido que tengas en el hd desde el propio menú de la consola (datos de juego, partidas guardadas, etc.) y después de eso probases de nuevo desde el interno.
Si con eso tampoco... pues se me agotan las ideas.
Saludos.