Hm, además de las librerías en sí, tienes las estensiones de desarrollo? cabeceras, o paquete de desarrollo o lo que sea que tengo Qt, que no se cómo se llamará.
Si no, puede ser sencillamente que el código lo desarrollen para una distro que use la variable de entorno QTDIR y la tuya no lo haga, o que dicha variable se cree con el paquete de desarrollo.
En cualquier caso, si no tienes la variable esa correctamente, instala los paquetes de desarrollo, busca el directorio donde pueda meter las librerías Qt, y pásaselo como parámetro a ./configure como dice el error:"./configure --with-qtdir /blablabla".
Mirando por Ubuntu packages, parece que el directorio en cuestión es /usr/lib/, o /usr/share/qt3/lib, no sé, que alguien me corrija si tiene más idea, esto es todo intuición.
http://packages.ubuntu.com/gutsy/i386/libqt3-mt/filelist