Buenass..
Se que pones que no hay mal entendidos con las carpetas en la memory...pero aún así comprueba que realmente estan en la carpeta iso de la raiz.
Si es así, se me ocurre que formatees la tarjeta con el pc y despues con la psp.
Si aún así tienes fallos puede ser de un mal backup de tus juegos , vuelve a dumpearlos y me imagino que el formato será cso o iso, sino no te vale (Dax).
Saludos