vaya, yo tengo ati, así que no sé al 100% como funciona nvidia.
primero te recomiendo que uses debian testing (squeeze), ya que suele estar todo más actualizado.
es raro que tengas problemas con nvidia ya que suelen ir muy bien, te recomiendo borrar todo lo referente a nividia y seguir algun tuto de los que hay por internet, por ejemplo el primero poniendo en google "nvidia lenny".
respecto a xorg.conf, si crees que esta todo bien instalado, puedes pillar un xorg.conf de otra persona.
si el configure no te hace nada de la grafica es porque no la tienes bien instalada.