Buenas,
¿Has probado el programa Candelair? Sirve para emparejar y configurar el Apple Remote, además de resolver algunos problemas que da con el Snow Leopard...
¿Seguro que el nuevo macbook no tiene infrarrojos? Me parece muy muy extraño. Lo puedes comprobar en la aplicación "Perfil del sistema" (carpeta utilidades).
Salu2