Hola,
Yo he instalado hoy en ubuntu para probar XGL y he tenido que instalar el driver propietario de ATI a mano, es decir, te lo descargas de la web de ATI, ejecutas e instalas.
Te lo digo porque durante la instalación había que "sobreescribir" la versión de Xorg usada. No se como tratará portage este tema, pero puede que te sirva. Además, a mi también me aparecía al hacer un lsmod o un modprobe -l fglrx
Saludos!!!