Yo cuando usaba Ubuntu, se me quedaba pillado a veces como te pasa a tí.
Lo puedes lanzar por consola con gksu o usar Synatic (que es mejor, pero más feo).
Aunque seguramente sea el apt que se haya quedado gilipollas.
Si es eso tendrás que borrar el archivo '/var/lib/apt/lists/lock' o '/var/lib/dpkg/lock' (no estoy seguro cual es)