Mi amigo tiene una cube con el chip DuoQ. Si selecciona 50Hz en algún juego, ya no se lo vuelve a preguntar más, en cambio, si selecciona 60Hz se lo vuelve a preguntar cada vez que arranca un juego. A lo mejor a ti te ha pasado lo mismo.
PD: no creo que tenga nada que ver con el chip, porque antes de que le instalara el chip tampoco se lo preguntaba cada vez que arrancaba el Mario Sunshine, por ejemplo.