Te pongo los pasos que yo segui por si te sirve de ayuda:
Me baje la v 2.2 y al descomprimir te tiene que quedar 4 carpetas y el pictods:
-bin
-lib
-nds
-resources
pictods
En la carpeta nds, esta la carpeta comickbookdstheme y el comicbookds.nds(este ultimo tienes que parchearlo con el dldi).
Conviertes con el pictods los comics que quieras.
Y (yo al menos lo tengo asi): en la carpeta nds te quedaria la carpeta comicbookdstheme y otras tantas como comics tengas:
-comicbookdstheme
-carpeta(nombre del comic), y dentro de esta carpeta:
-comicbookds.nds
-comicbookds.ini(que te dio el pictods)
-el comic en formato cbds
Lo tengo todo en una carpeta llamada comic en juegos.
Espero que te sirva
Saludos