¿dices que parcheaste bien los .nds? ¡pero si no hay que parchear nada, que el evolution lo hace automáticamente!. El nitrotracker no lo he probado, pero el DS Organize me funciona correctamente, y me guarda todo (eso sí, se recomienda la versión 3.1129, no la útlima, la 3.2, que parece que da más problemas de corrupción de datos). Así mismo, otros programas que graban en la tarjeta (scumm vm, animanatee, dsreader, phidias, colors...) me funcionan correctamente en el evolution.
¿Qué firmware usas? Ponte el último estable, el 1.41, que siempre viene bien tener estos cacharros actualizados.
¡Saludos!