Con el Hddhackr creo recordar que además de flashear, te permite particionar el disco, ¿has llegado a probarlo? Yo lo hice hace tiempo (pasé de 120Gb a 320Gb) con el mismo método y no creo recordar que tuviera problemas para dar formato desde la xbox. Asegurate que tienes la última versión del programa por si acaso.
En cuanto a lo del TeamXecuter, creo recordar que lo que tienen es simplemente un interfaz para poder conectar el HDD por USB en vez de conectarlo directamente al puerto SATA.