Pues a ver... cuando grabas una rom con el Game Manager, el automaticamente te genera el directorio NDSSAVE en la raiz del disco donde lo grabes y en su interior mete un save vacio para el juego que has grabado.
Si directamente con el game manager escribes en la tarjeta cf/sd, ya no tienes que hacer nada mas, pero si escribes en un disco duro, luego tienes que copiar los saves vacios que haya creado, desde la raiz de ese disco, a la de la tarjeta, por que si no hay un fichero creado en la tarjeta, el M3 no lo creara, solo da un mensaje diciendo que no lo hay.