En la tarjeta sd, abre el archivo config.txt, dentro de la carpeta usb-loader. Si no tienes sd, en el disco usb.
Tienes que añadir la siguiente línea:
ntfs_write = 1
Para que pueda escribir en esa partición. Una vez hecho, coge un juego original, abres el loader y pulsas +, para que lo copie al disco duro.
Si no lo puede copiar, hay algún problema con el disco, y si lo copia, ya tienes un ejemplo de como deben estar los juegos.