Eso debe ser por tener puestas las fuentes (letras) grandes en el Windows. Si seleccionas fuentes de tamaño normal la ventana te saldrá bien.
Está en botón derecho del ratón en el escritorio, propiedades; y en la ventana propiedades de pantalla, pestaña opciones, botón opciones avanzadas, pestaña general.
Yo me he acostumbrado a utilizarlo con fuentes grandes con la ventana cortada y me apaño sin ningún problema (utilizando el tabulador y aprendiendo cuantas veces le tengo que dar para que llegue a la opción que necesito).
Por ejemplo, cuando tienes preparada la lista de roms a convertir, marcas con el ratón en la pestaña Game List y le das tres veces al tabulador, y enter, y te las convierte. Luego sales con ALT+F4 y ya está.
(Lo que hago por no poner fuentes normales, jejeje
)