A mí me ha pasado también que algunos capítulos de ciertas series no se vean, aunque los demás sí. Por desgracia, aunque la PS3 soporta bastantes formatos, no es tan versátil como un ordenador con los códecs. Lo mejor en esos casos es recodificar los capítulos a un formato que acepte la PS3.
Yo suelo codificar a XviD + MP3 con Avidemux (en Linux), probé varias combinaciones y es la que más me gustó en cuanto a calidad y suavidad al avanzar o retroceder por el vídeo.