A mi también me pasaba eso al principio.
Para que se guarden bien, tienes que reiniciar la DS con los botones L+R+A+B+X+Y una vez acabada la partida, habiendo seleccionado la opción "Software Reset" al escribir el juego.
Algunos G6 modifican los backup o los saves al reiniciarse y no al guardar.
Espero que te sirva de ayuda, sin eso yo me habria muerto hace tiempo.