La verdad es que depende de cada usuario.
Yo por ejemplo tengo 1 trucha y el Disaster, asi que no noto mucha diferencia, estoy en 3.2 y si quiero jugar a Disaster lo hago a traves de Gecko, si quiero jugar con truchas lo hago desde canal disco.
La otra opcion es ponerse 3.3v1 y jugar al Disaster desde canal disco y al trucha desde Gecko OS.
Por otra parte, esto que parece cosa de comodidad y que es tonteria *usar o no el Gecko OS no me representa incomodidad alguna, la verdad*, tambien trae algo mas, y es que yo podre usar cualquier disco autobootable, tenga o no el hack de zelda guardado para desbrickear mi Wii *cosa que dudo que me pase, pero por si las moscas*, tu solo podras ejecutar el Zelda autobootable y rezar porque no se haya borrado, corrompido el hack de Zelda.
Aparte de esto, hay otras diferencias como que 3.2 es la version recomendada para Starfall, cIOSCORP, Preloader, y demas aplicaciones de este estilo.
En todo caso, no te digo que downgradees, pues, lo normal es que no uses ninguna de esas aplicaciones y que no padezcas un brick *aparte que siempre te queda la opcion de tener el hack de Zelda en la Wii*, y si te resulta mas comodo asi por estar mas actualizado, pues no hay problema tampoco.