Problema con el MLDonkey en Gentoo

Hola a todos! Os cuento el problemilla que tengo:
Instalé gentoo [tadoramo] en mi cacharro viejo, una vez todos dispositivos configurados y emergido lo q había q emerger pasé a instalar el mldonkey:

emerge net-p2p/mldonkey

Tras un rato compilando y arreglando todo... fui a ponerlo para que arrancara al arrancar la máquina

cd /etc/init.d/
rc-update add mldonkey boot

Tras eso me puse a configurar a mano todos los parámetros para una conexión ADSL 512/128, tal y como pone en el manual de Ark Del Kaos en este foro en el hilo del mldonkey.
Ahora viene mi problema, reinicio la máquina, el mldonkey arranca perfectamente, puedo entrar via web desde el PC grande (x llamarlo de alguna manera), puesto que le envié via consola el comando

$ telnet localhost 4000
> set allowed_ips "127.0.0.1 192.168.1.255"
> save
> x

Pero la sorpresa al reiniciar y volver a arrancar es que me ha modificado los archivos downloads.ini y donkey.ini con lo que ME BORRA TODA CONFIGURACIÓN DE MI CONEXIÓN (puertos, tasas de transferencias, máximas fuentes, actualizar servidores....vamos, TODO) Mi pregunta es la siguiente:
¿Qué debo hacer para que no me borre la configuración que le he metido a mano? ¿Debo crear un script para que arranque el comando mlnet en el directorio que yo le diga (uso el comando mldonkey para arrancar actualmente)?