También depende de las roms que useis. Hay mucho hack y overdumped de roms de NES.
Si os fijais, si usais el pnesmmw, como cargador del PocketNES, en algunos juegos (roms) aparecen unos códigos delante del nombre del juego: [ inc ], [ ovr ], [ bad], [ ex ] y [ unk ].
Las [ inc ] son incompatibles. Vamos no funcionan en el PocketNES.
Las [ ovr ] son overdumped. Suelen funcionar, pero en algunas hay problemas para salvar estado. Ejemplo, Princes of Persia.
Las [ bad ] estan chungas, y si funcionan llegará algún momento del juego que petará.
Y las [ unk ] no sabe, no contesta. A veces funcionan y a veces no.
Os recomiendo que uséis las roms con dumpeos originales. Con cualquier programa tipo clrmame o romcenter podéis filtrar los hacks. Por ejemplo, con el goodNES 3.10 usad las roms que tengan un [!] que estan comprobadas y verificadas que son las buenas.
Aún así el emulador no es compatible con todas las roms, así que es normal que fallen algunas.