Te comento como lo tengo hecho yo, dentro de la carpeta Roms, debe haber (o eso creo) las siguientes carpetas, cps1, cps2, ng y others y en cada una de ellas los juegos que pertenecen a cada sistema.
Las roms han de estar en formato ZIP, si te sigue dando problemas borra el save del FBA a ver si tienes suerte.