Yo no tengo memory card asi que nunca he probado el homebrew este, pero así de repente, ya que no te ha contestado nadie aun te diria que repitieras el proceso por si acaso no te lo hizo bien la primera vez. Recuerda que los archivos .gci deben tener como máximo 2 caracteres en el nombre, por ejemplo a.gci y que solo puedes poner una partida cada vez. Otra cosa, al final te dara error pero en teoria se habrá hecho bien.
Finalmente, si lo hiciste asi y más de una vez, creo que puede ser problema de esa partida que descargaste, descargala otra vez y pregunta a ver si a alguien le funciono (desde el sitio donde la descargaste).
Como ultimo remedio, prueba a pasar una de tus partidas guardadas originales a la SD, borrala y despues de la SD al cubo para ver si lo que no funciona bien es el programa y tendrías que volverlo a bajar.
Eso es todo lo que se me ocurre, espero que alguien te pueda solucionar el problema si nada de esto te funciona.
Un saludo.