Mi placa tiene un "problema" similar. Si tengo algo puesto en alguno de los usbs de la torre (en los traseros no pasa), se queda tonta eso mismo, 3 o 4 min, como si estuviese buscando un disco externo para arrancar, aunque en la BIOS tengo desactivada la opcion de arranque USB.
Prueba a cambiar el SATA de la grabadora de sitio, o si tienes los puertos SATA en modo IDE a AHCI, previamente instalando los drivers de AHCI en windows, hay tutoriales por google, sino, no arrancara windows a no ser que, o cambies el modo SATA al que estaba antes, o formatees. Si no tienes SSD y tienes el modo SATA en AHCI, puedes probar a cambiarlo a IDE, no perderas rendimiento.