Yo tengo el pack completo del GHWT (bateria+guitarra+micro) y tengo la guitarra del guitar hero 3, incluso he tenido la de aerosmith tambien. Y he estado jugando sin ninguno problema con bateria+guitarra ghwt+guitarra gh3+micro, o bateria+guitarra ghwt+guitarra aerosmith+micro, o bateria + guitarras (las dos), o bateria + guitarra (cualquiera de las tres), incluso solo guitarra. Vamos que todas las posibles combinaciones posibles, y siempre me ha funcionado perfectamente.
Así que te lo confirmo que no es problema de compatibilidad.