Hola compañero,no te sepa mal pero no entiendo muy bien tu problema,si puedes especificar algo más tal vez alguien mas ayude con tu problema.
Te cuento un problema que tuve yo con el hdd y el m2 pciE,al instalar por primera vez windows 10 en el ssd m2.
El primer error que cometí fue instalar windows 10 pro en el ssd m2,con el hdd conectado,no se como paso por que como digo era la primera vez que instalaba windows 10 en el ssd m.2 pciE,el caso es que todo iba genial como de costumbre todo instalado y funcionando..Pero cuando desconecte el hdd para sustituirlo por un ssd m2 sata3,no me cargaba windows ,me salia el tipico mensaje de no se encuantra unidad de disco..Lo colocaba de nuevo el hdd y todo a funcionar de nuevo,total que me di cuenta rápidamente que algunos archivos del boot de windows se habían alojado en el hdd,claro windows no me muestra los archivos ocultos del sistema,tienes que deshabilitar la opción manualmente.Entonces opte por usar una live usb de linux,entre desde linux en el hdd y pude ver los archivos del boot y unos cuantos mas que no recuerdo,Xd,lo que hice fue cortarlos y copiarlos al ssd m2 en la carpeta raiz c:/,después apague el equipo desde el mismo linux,y desconecte el hdd,encendí el equipo,y voila, funciono perfectamente,sin el hdd colocado,este fue mi caso,no se si te ayuda de algo,a dia de hoy no se por que paso...Suerte compañero un saludo.