He cambiado el PC, y al meterle el mismo disco duro secundario (6tb con toda la información), el arranque se ralentiza de la ostia.
Disco duro secundario desconectado--> 3 minutos de arranque
Disco duro secundario conectado--> 25 minutos de arranque
En principio, una vez que arranca el hdd funciona sin problemas aparentes...
Info: W7