Puedes cargar el archivo cdi en una unidad virtual de cd-rom, como por ejemplo las daemon tools, y después sólo tienes que sacar las archivos como si tuvieras ya el cd grabado desde esa unidad tranquilamente. De todas formas, ahora que has grabado el cd, supongo que también podrías sacar de ahí los archivos.
En cuanto al power instinct matrimelee, te has bajado las roms de la máquina arcade. Eso no lo puedes hacer funcionar en una dreamcast, aunque si encuentras el emulador adecuado, puedes hacerlo funcionar en el pc.