Saludos amigo, creo que a mi me ocurre algo similar y tratare de explicar mi problema y tambien de exponer las conclusiones a las que he podido llegar.
En efecto, tal como tu, yo he querido grabar algunos Backups de PS2 "azules" en CDs, especificamente el juego de Marvel Vs Capcom 2, pero yo tuve una idea.
Mi idea era la de cambiar las canciones del juego modificando los archivos .adx que estan dentro del archivo AFS000, lei varios tutoriales sobre como hacerlo y me decidi a intentarlo, ya lo habia intentado antes pero no tenia una cacahuatera idea de como se volvia a formar el .ISO final.
Leyendo los tutoriales vi que hablaban de 2 programas, 1 que era el CDVDGen 1.5 para crear el IML y el otro que era el IML to ISO, edite la musica que queria y verifique que los archivos fueran de la frecuencia exacta a los del juego original, reempaque el archivo y con estos 2 programas cree el .ISO final, lo queme usando Nero 8 en un CD y efectivamente el PS2 reconocio la Memory Card y el Disco "Azul", al poner el navegador del PS2 sobre el disco azul y pulsar X aparece el logo de PS2 y "parece" como si fuera a empezar el juego, pero este simplemente se queda colgado interminablemente.
Supuse que habia hecho algo mal, o la musica estaba mal o el metodo de reempaquetado no habia sido el correcto, me decidi a volver a iniciar el proceso desde cero y completarlo una vez mas y esta vez queme el CD con Alcohol 120, el resultado fue el mismo.
Solo me quedaba un CD para volverlo a intentar, y tenia que quedar si o si, entonces me decidi a hacer una copia lo mas fiel posible a como decia el tutorial, incluso consegui exactamente las versiones de los programas que ahi exponian y genere el .ISO nuevamente, pero esta vez no lo queme.
Esta vez lo que hice fue conseguir un emulador de PS2 que curiosamente en la ultima version podia correr este juego, el emulador que descargue fue el PCX2 ver.96 y me decidi a buscar algunos plugins para poder correr el .ISO, yo estaba en ceros respecto al conocimiento de este emulador asi que me la pase un buen tiempo jugando con las combinaciones de las configuraciones posibles, al principio no podia hacer arrancar nada, pero ya despues vi tutoriales sobre como configurar ciertos plugins graficos y por ultimo el plugin que me permitia cargar isos.
En efecto el emulador no reconocia el .ISO y me mandaba al menu del PS2, pero intente con otro backup, este era una copia perfecta del juego original y si lo agarraba, entonces probe arrancar mi Backup con musica modificada con otra configuracion para el emulador, en concreto utilize otro plugin para soportar isos y mi sorpresa fue que el juego arranco, efectivamente la musica estaba tal cual yo la modifique, iba bastante lenton, pero se alcanzaba a escuchar la diferencia de la musica.
Hice varios intentos de generar un .ISO modificado que pudieran levantar ambas configuraciones del PCX2 suponiendo que si era de esa manera entonces mi PS2 tambien deberia levantar el backup y sencillamente fue en vano, todos los Backups que genere con CDVD GEN y IML to ISO tenian el mismo problema, no se podian levantar mas que con una configuracion en especifico en el emulador, probe haciendo un backup "intacto" es decir, solamente copie y pegue los archivos tal cuales estaban en el CD y le aplique ambos programas tanto CDVD GEN como IML to ISO para crear un .ISO que fuera identico a los backups que genera el Alcohol, este ISO no estaba modificado en ninguno de sus archivos y efectivamente pesaba exactamente lo mismo que los ISOS autenticos, mi sorpresa fue que este ISO tenia el mismo problema que los que si estaban modificados, este tambien dependia de una configuracion especifica para arrancar en el emulador.
Una de las cosas que note es que los ISOS que el emulador levantaba con todas las configuraciones tenian un blocksize de 2352, mientras que los Backups que me genran los programas CDVD GEN e IML to ISO TODOS tenian un Blocksize de 2400.
Me decidi a quemar un backup intacto y fiel al original y efectivamente el PS2 lo agarro sin problemas, luego en la pantalla de Press Start saque el disco y meti uno modificado a ver si era problema del SLUS o algo asi y ya no lo agarro, pero cuando intente lo contrario, es decir, encender el PS2 con el disco con musica modificada y esperar hasta que se colgara la imagen, ahi cambiaba de disco por uno que fuera una copia fiel esta vez mi PS2 si lo agarraba y sin problemas continuaba desde donde el otro disco se quedo, es decir desde la pantalla color negro.
La verdad no termino de entender lo que sucede, espero alguien me pueda dar una orientacion y creo pertinente esta explicacion mia porque intuyo que el problema que tiene nuestro compañero es exactamente el mismo que tengo yo.
Saludos!