Te has explicado fatal, pero bueno....
Eso en realidad tiene su explicación, ya que iTunes guarda una copia de tus canciones en una carpeta distinta a la que tu tienes, es decir, cuando añades a la biblioteca tus archivos en MP3, iTunes copia a su vez todos esos archivos a una carpeta distinta, si usas Windows no recuerdo cual es, es buscarla, pero en Mac la guarda en la ruta
/user/nombredeusuario/Música/iTunes/iTunes Media/Music.
Haz lo que hago yo, si empiezo de cero, añado toda la carpeta a la biblioteca, luego busco carátulas, añado, etc...y hago una copia de seguridad en otro disco de esos archivos, si añado mas, simplemente copio la carpeta en cuestion ya con sus carátulas y tal, y la añado a la copia de seguridad.
Siempre que añadas algo a la biblioteca, cuenta con que en la ruta que te he comentado antes se añade, y es ahi donde estan los MP3 con su carátula incrustada, que son los que tu quieres.
No se si me he explicado bien....
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