Hay que revisar en detalle el manual de actualización.
Para actualizar no se pulsa Start aplication sino RUN.
Previamente habiendo seleccionado el fichero .hex correspondiente (recomiendo que lo bajes de ps3break.com)
En el footer de la aplicacion (Flipper) a la izquierda te indica si la verificacion despues de grabar ha sido correcta o no.
Algo asi como "Verification PASS".
Espero que te ayude.
Saludos,