Por lo general los ventiladores meten el aire, lo que pasa es q al ser un ventilador de alto caudal notarás el aire q rebota en el disipador.
Los ventiladores de la caja yo los pondría sacando, pero si enchufan al micro y tienes una buena salida de aire mas arriba perfectamente puedes ponerlos hacia dentro. Si no hubiera salida de aire por arriba el aire caliente se condensaría arriba y la fuente acabaría frita, eso me ha pasado en un pc por falta de ventilación.