Desde luego, es muy probable que sea eso que comentas. La UEFI está específicamente diseñada para controlar los dispositivos integrados de la placa y no tanto para los periféricos que le añadas. Prueba a enchufar a la tarjeta integrada en lugar de la otra gráfica que tienes puesta, aunque sólo sea por probar.
Efectivamente, cuando se actualiza el firmware de una placa, si algo sale mal puedes acabar con un ladrillo por ordenador. Hay placas que disponen de un sistema de recuperación ante tal fallo aunque no todas y no deja de ser un riesgo. En cualquier caso, si se siguen al pie de la letra las indicaciones del fabricante, se comprueban los checksum de las cosas que te descargas y estas cosas, generalmente no pasa nada. Aun así, yo también soy de la opinión de no actualizar la BIOS/UEFI si todo funciona bien.